തലയഞ്ചേരി ഫാത്തിമക്കുട്ടിയെയാണ് മോയിൻകുട്ടി വൈദ്യർ വിവാഹം ചെയ്തത്. അവർക്ക് മൂന്ന് മക്കളാണുണ്ടായിരുന്നത്. മൂത്ത മകൻ ചെറുപ്പത്തിൽതന്നെ മരിച്ചു. രണ്ടാമത്തെ മകൻ അഹമ്മദ് കുട്ടി വൈദ്യർ 1879-ലാണ് ജനിച്ചത്. അദ്ദേഹം കവിയെന്ന പേരിൽ പ്രസിദ്ധനാകുകയും ചെയ്തിരുന്നു. ഇദ്ദേഹത്തിന് മക്കളില്ലായിരുന്നു. മോയിൻകുട്ടി വൈദ്യരുടെ മകൾ കുഞ്ഞാമിനക്കും മക്കളില്ലായിരുന്നു. അതിനാലാണ് മോയിൻകുട്ടി വൈദ്യർക്ക് നേരിട്ടുള്ള കുടുംബ പരമ്പര ഇല്ലാതായത്. അദ്ദേഹത്തിന്റെ സഹോദരൻമാരും മറ്റു കുടുംബാംഗങ്ങളും കൊണ്ടോട്ടിയിലും മറ്റു പ്രദേശങ്ങളിലും ഇപ്പോഴുമുണ്ട്. മോയിൻകുട്ടി വൈദ്യരുടെ തൂലികാനാമം ‘ഫയ്യൽ ത്വബീബ്’ (ഒരു വൈദ്യരുടെ മകൻ). ഹിജ്‌റ വർഷം 1309 ഷഹ്ബാൻ 13 നാണ്(1892 മാർച്ച് 12) അദ്ദേഹം മരണപ്പെട്ടത്.